La conformazione della chiesa è di impianto orientale, con le tre absidi orientate e l’altare (bema) posto tra quattro pilastri (rappresentanti i 4 evangelisti) che sostengono la cupola (rappresentante la volta del cielo con il Christòs Pantokrator, il Cristo Onnipotente che regge l’universo). Si sono conservati metà dell’abside centrale e l’abside nord, detto della protesis, dall’altare per la preparazione dell’Agnello, che si celebrava in quel luogo. Dopo la battaglia di Lepanto e la grande vittoria contro i Turchi, la chiesa venne dedicata a S. Maria della Vittoria. Le ultime fasi visibili sembrano essere pertinenti ad un orfanotrofio che fu costruito sopra i muri delle costruzioni precedenti.